ISBN978-4-501-62260-2

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2008
Feb
オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス オープンバイオ研究会 編 (B5 264頁, 定価4095円, ISBN978-4-501-62260-2)
本書の特徴
  1. 本書とコンピュータがあれば,一歩進んだバイオインフォマティクスを一人で学ぶことができます。
  2. 塩基・核酸配列,ゲノム,マイクロアレイ,遺伝子ネットワーク,リガンドの各解析が体験できます。
  3. 全編が生物学的なストーリーに沿って構成されており,研究方針や問題解決方法を体得できます。
  4. 肥満や糖尿病にかかわる核内受容体PPAR-γと関連遺伝子に焦点をあてて,実践的かつ具体的な操作手順を説明します。
  5. 薬剤や環境ホルモンの解析に威力を発揮するケモインフォマティクスにも精通するようになります。
  6. DVDから再起動するだけでLinux環境KNOBが利用でき,面倒なセットアップやインストールはいっさい不要です。
  7. KNOBには,研究に必要な解析ソフトに加え,本書で使用するプログラムやサンプルデータが収められています。
  8. KNOB終了後は完全に元のPC環境に戻るため,大学や企業の講習会など原状復帰を要求される場面でも重宝します。
  9. KNOBの中身はすべてフリーソフトですから,公的な機関はもとより,製薬会社など一般企業でも使用できます。
  10. UNIX(Linux)の操作方法やコマンド,プログラミングを付録でやさしく解説しました。
  11. UNIXとオープンバイオのツールを使いこなせるようになれば,今後の研究にとても有用です。
  12. 簡単なプログラミングを身につけることで,自分の目的にカスタマイズした解析を行なうことができます。
  13. 本書は,ツール開発者本人たちによって書かれたオリジナル本です。
  14. 伝説のゲノム・シューティングゲーム「g2s」も収録されています。
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2008
Mar
講習会、ひきうけます 本書を執筆した講師陣によるバイオインフォマティクスの講習会を計画しております。そのほか、ご要望があれば出張講習会も開催可能ですので、open-bio-book (@lists.sourceforge.jp) 宛にご連絡ください。
2008
Oct
KNOBインストール方法 KNOB は本書の付録 DVD から起動するだけで使用することができますが、それ以外にも VMware などのバーチャル PC 環境での実行や、HDD へのインストールも可能で、メリットとして DVD 起動よりも高速に動作するようになります。
VMware player (Windows PC 用; 無償) / VMware Fusion (Mac OS X 用; 有償) での起動
KNOB-4.0.1-DVD.iso.vmx ファイルをダウンロードし、KNOB-4.0.1-DVD.iso ファイルと同じディレクトリに置いてクリックすることで、Windows 上または Mac 上で VMware を利用して KNOB を起動することが可能です。仮想マシンとして、日頃使っている OS 上で子画面のように起動できるため安全ですが、メモリは最低でも 1GB 以上あった方がよいでしょう(VMware の設定で、KNOB が利用するメモリ量を少なくとも 500MB、できれば 700MB 以上確保してください)。
HDD にインストールしてデュアルブートする方法
KNOB を起動して、ターミナル上で knoppix-install を実行することで HDD にインストール可能です。ただし、本書付録の KNOB には、元のバージョンの KNOPPIX にバグがあるため、事前に KNOB のサイトを参照して kdesurc の修正を行ってください。別の方法として、Windows 上で KNOB の DVD に入っている install2win.bat を実行することでもインストール可能です。いずれの方法も、あまりテストしていませんので、不具合やノウハウがあればぜひお知らせください。Linux のインストールや GRUB ブートローダについて理解していないと Windows 環境を壊してしまう可能性があるので要注意です。
2008
Oct
補足事項・正誤表 本書を使用する上での注意点やバグ修正などをリストアップします。
全般:KNOB が起動できない
本書付録の KNOB は DVD 起動に対応していない古い PC では利用できません。また、メモリも 512MB 程度ではかなり動作が厳しく、不安定になったり実習の一部が実行できません。
Intel Mac では、執筆時点では iMac や MacBook, MacBook Pro などで起動を確認していたものの、最近の機種では起動できなくなっていることが分かってきました。MacBook Pro については 2008 年 2 月以降のモデル(年表 Penryn Update)、MacBook については 2007 年 11 月以降のモデル(年表 Santa Rosa Update)、MacPro についてはおそらく全ての機種で KNOB の起動が出来ない模様です。大変申し訳ありませんが、これらの機種に該当される方は VMware Fusion (トライアル版は無償) などを利用して頂けると幸いです。また、解決方法がありましたら、ぜひ情報をお寄せください。
なお、DVD から起動できる場合も MacBook Pro 等でキーボードのレイアウトが変わってしまい「_」など一部のキーが入力できないことがあります。これには本書付録Aを参照し、起動オプションに keyboard=us をつけるなどしてご対応ください。
全般:ネットワーク接続に proxy が必要
EMBOSS での設定方法については KNOBのサイト をご参照ください。そのほかのソフトウェアでの対処方法についても順次掲載予定です。
2章:showfeat コマンド実行時に warning が出る
INSD (RefSeq) の feature table に項目追加があったためで、本質的には EMBOSS のバージョンアップでしか対応できません。実害は無いのでとりあえず無視して頂いて構いません。
2章:seqret 実行時に Warning: bad Genbank LOCUS line と表示される(44ページ)
実害は無いのでとりあえず無視して頂いて構いません。
2章:seqret で同じ配列が2回取れてくる(44ページ)
執筆時点では問題なかったのですが、seqret refseqp:NP_619726 を実行すると同じ配列が2つ保存されてしまうようです。幸い seqret genbank:NP_619726 とデータベース名を変えることで回避できます。
2章:sudo tfextract が動かない(62ページ)
2008年2月から10月までこちらのサイトにて公開していた KNOB のイメージファイル (KNOB-4.0-DVD.iso) が、本書付録 DVD と完全に同一でなく少し古いものでした。新しいイメージファイル (KNOB-4.0.1-DVD.iso) をダウンロードし直すか、先に sudo ln -s /usr /sw を実行することで回避できます。
3章:G-language で設定変更が反映されない
GUI でカスタマイズする場合は、起動後に一度 chmod 644 .glang/default.gcf を実行してください。
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